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Dans mon précédent billet, j’ai présenté les raisons pour lesquelles j’estime que Zotero est un bon logiciel de prise de notes, tout en pointant du doigt certaines limites. Je vais revenir sur deux d’entre elles aujourd’hui.

La première limite réside dans le manque de fluidité pour inter-connecter des notes. C’est une opération possible − et j’avais d’ailleurs présenté cela comme un avantage de Zotero que de pouvoir constituer une base de connaisse de type “wiki” − mais pour laquelle j’avais précisé que, malgré l’utilisation de l’extension Zutilo, on n’atteignait pas la souplesse d’autres logiciels.

La seconde limite est relative à la nature “physique” des notes qui ne prennent pas la forme de fichiers textuels accessibles en dehors de Zotero. Si l’on veut manipuler ses notes avec un logiciel tiers − Zettlr, Obsidian, ou que sais-je encore − c’est un vrai problème.

L’extension présentée dans ce billet répond partiellement à la première limite, et entièrement (?) à la seconde. Il s’agit de l’extension Better Notes, dont je propose ici une entrevue (et non pas un tour d’horizon complet).

Better Notes : principe de base

L’extension Better Notes propose de lier en un clic des notes Zotero ou des annotations issues de fichiers pdf à une note “maîtresse”. Cette note maîtresse (Main Note) permet donc de réunir en un même lieu des notes éparses, éparpillées parmi ses collections.

Voici un cas d’usage que je tire très directement de ma propre pratique actuelle. Je lis des articles sur le Patient and Public Involvement (PPI). La plupart du temps, j’ai une note par référence lue : cette note est d’abord issue des annotations faites sur le pdf (et plus précisément, des surlignages commentés), que je complète par un résumé rédigé avec mes mots, potentiellement agrémenté de réflexions, questionnements ou commentaires personnels. Des annotations/surlignages au résumé, j’écrème une grande partie des informations.

Certaines de ces informations sont des annotations que j'ai surlignées non pas parce qu’elles sont cruciales pour la compréhension de l’article ou qu'elles en révèlent la substantifique moelle, mais parce qu’elles alimentent certains aspects de la thématique globale (le PPI) sur lesquels je veux collecter des données. Par exemple, un article qui ne porte pas directement sur les avantages de l’implication des patients dans la recherche, peut tout de même évoquer, au détour d’un paragraphe, de tels avantages, dont je veux garder une trace. Le passage, surligné, ne se retrouve pas dans mon résumé (ce n’est pas le cœur de l’article)… et risque donc d’être oublié, ou perdu.

C’est là qu’entre en scène l’extension Better Notes. Ma note maîtresse sur le PPI préparée, c’est-à-dire contenant très simplement quelques sous-titres la structurant (“Histoire du PPI”, “Avantages et impacts positifs du PPI”, “Limites du PPI”, etc.) c’est en un seul clic que le passage susmentionné sur les avantages du PPI sera référencé dans ma note maîtresse, *au bon endroit*, c’est-à-dire sous le bon sous-titre. Référencé, et donc pas oublié.

L’avantage est évident : sans trop perturber le flux de la lecture et de la prise de notes, l’extension Better Notes autorise la compilation d’extraits de sources variées au sein d’un même document. Dans la mesure où Zotero est tout de même, avant toute chose, un logiciel de gestion de références documentaires, et qu’en conséquence, chaque note qui y est prise est “naturellement” rattachée à une référence singulière (bien qu’il soit possible de créer des notes indépendantes de toute référence), Better Notes apporte ainsi une nouvelle dimension au logiciel en rendant aisée la création de notes “trans-références”, si je puis dire.

Si j’ai écrit plus haut que cela répondait partiellement à la première limite rappelée dans ce billet, c’est parce que Better Notes ne fait pas de Zotero un logiciel qui, à l’instar d’un Zettlr ou Obsidian pour reciter ces deux-là, est capable d’inter-connecter facilement ses notes. L’extension propose un autre modèle, davantage hierarchique, où la note maîtresse référence d’autres notes “enfants” ; mais ce catalogue de références ne produit pas de l’inter-connexion parmi les notes “enfants”.

Et concernant la seconde limite, celle des notes inaccessibles depuis l'extérieur de Zotero ? L'extension Better Notes propose de synchroniser la note maîtresse et toutes les notes référencées dans le dossier de son choix. La synchronisation est bidirectionnelle, ce qui signifie que les modifications apportées à l'extérieur de Zotero seront bien répercutées dans les notes originales. Je n'ai pas effectué de tests extensifs de cette fonctionnalité ; mes rapides expérimentations me donnent toutefois l'impression qu'elle est tout à fait fiable.

Prise en main rapide de Better Notes

Après téléchargement et installation, on constate plusieurs changement sur l'interface de Zotero. Sur l'écran principal, Open Workspace a fait son apparition. Comme son nom l'indique, cette entrée permet d'ouvrir l'espace de travail principal.

Cet espace de travail est composé de trois panneaux : à gauche, le sommaire de la note maîtresse active ; au centre son contenu ; à droite, la prévisualisation de le note référencée.

Sur la capture d'écran précédente, on voit que Better Notes vient avec une note maîtresse servant de tutoriel. Raison pour laquelle je ne m'étends pas sur le fonctionnement de l'extension. Je poursuis néanmoins avec quelques captures afin d'aider à s'en saisir rapidement.

La capture suivante représente une note “normale” de Zotero. Parmi les éléments ajoutés par Better Notes, deux sont particulièrement importants :

• la flèche verte montre l'icône permettant de basculer d'une note maîtresse à une autre. En effet, à un instant t, il ne peut y avoir qu'une note maîtresse active. Heureusement, le changement de note maîtresse se fait en un clic ;
• la flèche rose (magenta ? Je n'ai jamais été doué pour désigner les couleurs…) pointe l'icône centrale qui reprend le logo de l'extension. En positionnant la souris dessus, s'ouvre le sommaire de la note maîtresse. En un clic sur un titre ou un sous-titre, la note actuelle est liée à la note maîtresse à l'endroit voulu.

Et enfin, pour finir avec les captures, la suivante montre l'interaction avec l'extension depuis l'écran de lecture et d'annotation d'un pdf.

La flèche bleue (oui, j'ai assez peu de doute qu'elle est bleue) pointe la même icône que précédemment. Un clic dessus ne permet pas une insertion directe dans la note maîtresse, mais ouvre une nouvelle note de document qui, elle, pourra être liée avec la note maîtresse.

La synchronisation des notes, quant à elle, se règle depuis le menu Fichier de l'espace de travail (Workspace) de l'extension.

Quelques commentaires et astuces rapides

Pour finir ce billet, quelques commentaires et astuces un peu en vrac, mais qui je l'espère pourront répondre aux questions que vous vous poserez lorsque vous commencerez à tester l'extension :

• Par défaut, l'extension crée une collection intitulée My Notes. Il n'y a aucune obligation d'y classer ses notes maîtresses, qui peuvent appartenir à n'importe quelle collection ;
• Définir une note Zotero comme note maîtresse se fait simplement avec le menu contextuel : clic bouton droit puis Set Main Notes ;
• La note maîtresse compile des liens vers les autres notes. On peut toutefois insérer le contenu d’une note “enfant” dans la note maîtresse en cliquant sur ledit lien puis en cliquant sur l'icône idoine (cf. partie 3.4 de ce guide)
• L'extension propose d'autres fonctionnalités dont je n'ai pas du tout parlé ici :
  • la possibilité d'utiliser des modèles (templates) ;
  • la possibilité d'afficher le sommaire de la note maîtresse sous une forme graphique : mind map ou “bubble map”.

Outre ce guide vers lequel j'ai déjà pointé, je vous conseille également de parcourir ce wiki sur le github de Better Notes.

Commentaires et retours d'expérience bienvenus sur le Fediverse :–)

Pour ce tout premier billet (grand merci à Tedomum pour l’hébergement !), je souhaite expliquer pourquoi je pense que non seulement, Zotero peut servir de logiciel de prise de notes, mais de surcroît je pense qu’il peut être considéré comme un très bon logiciel de prise de notes.

Zotero, pour information ou pour rappel, se présente comme un logiciel de gestion de références (Wikipédia fr). S’il est connu dans le milieu universitaire et plus généralement dans le milieu de la recherche, je suis convaincu qu’il peut apporter bien des services à monsieur et madame Tout-le-Monde, car la gestion, le stockage et l’annotation de ressources diverses et variées, leur indexation et leur identification rapides, sont des besoins qui traversent nombre de professions − et plus globalement nombre d’activités.

C’est donc sur une activité précise − la prise de notes − que je vais me concentrer ici. Alors, pourquoi Zotero fait-il un très bon logiciel de prise de notes ?

Raison 1 : organisez-vous comme bon vous semble avec les collections et les tags

Dans Zotero, les documents et notes peuvent être organisées en collections et sous-collections. Si les collections peuvent s’apparenter à des dossiers, il y a tout de même 2 différences majeures avec les répertoires dont vous avez l’habitude dans votre explorateur de fichier habituel :

1. un document peut appartenir à plusieurs collections ;

2. Zotero autorise en un clic l’affichage ou le non affichage des documents et notes des sous-collections dans la collection parente (via le menu Affichage).

Il est donc aisé de reproduire une gestion hiérarchique de ses notes, telle celle que l’on peut trouver dans Joplin ou CherryTree par exemple, tout en bénéficiant d’une certaine souplesse. À titre d’illustration, on peut imaginer deux notes ou documents rangés, pour l’un, dans une collection “Pro” et pour l’autre, dans une collection “Perso”, mais se trouvant dans la même collection “À finir de rédiger”.

Par ailleurs, Zotero dispose d’un système de tags (Marqueurs dans son langage) non hiérarchique, assez classique mais efficace lui aussi. En effet, dans une collection, seuls les tags effectivement utilisés apparaissent dans la sous-fenêtre les listant (en bas à gauche), ce qui évite toute recherche infructueuse. De plus, 9 tags peuvent se voir attribuer une couleur qui marquera les documents et notes les portant. Ces 9 tags peuvent être rapidement appliqués à des documents en utilisant les touches 1 à 9 de son clavier.

En substance, quelle que soit la façon dont vous préférez classer vos informations, Zotero devrait satisfaire vos besoins.

Raison 2 : un éditeur simple et efficace, supportant le Markdown, le surlignage, et d’autres choses encore

Sobre, l’éditeur de note n’est pas pour autant austère. S’il peut occuper la partie droite de la fenêtre principale de Zotero, il peut également être ouvert dans une fenêtre distincte. Mieux, on peut ouvrir autant de fenêtres indépendantes qu’on le souhaite, permettant ainsi de disposer côte à côte plusieurs notes.

Le formatage du texte s’effectue soit via la barre d’outil, soit en utilisant la syntaxe Markdown (mais c’est bien un texte “stylisé” qui apparaît à l’écran).

L’insertion d’images, de tableaux et de blocs pour écrire les mathématiques peut s’effectuer grâce au menu contextuel, ou par glisser-déposer pour les images. Le glisser-déposer est également ce qui permet de réorganiser le texte : chaque paragraphe dispose d’une petite poignée permettant de le déplacer aisément dans le document.

Enfin, le surligneur est un outil qui mérite d’être mentionné : en effet, on ne le trouve pas dans tous les logiciels de prise de notes (loin s’en faut). Zotero, lui, propose 5 couleurs de surlignage.

Raison 3 : les notes peuvent être liées et constituer une base de connaissance de type “wiki”

Les notes, comme tout autre document dans Zotero, peuvent se voir attribuer des éléments dits “connexes”. L’association se fait en quelques clics ; elle est rendue très facile par le fait que la fenêtre de dialogue autorise la saisie de caractères permettant de retrouver quasiment instantanément l’élément à lier. Une fois les documents et notes liées (<– accord de proximité), un clic permet de basculer de l’un·e à l’autre.

Mais ce type de connexion est une méta-donnée : les liens entre les notes ne sont pas intégrés dans le contenu de celles-ci. Si l’on veut, à l’instar d’un wiki, établir un lien hypertexte entre les notes (ou entre une note et un document), on peut se tourner vers l’extension Zutilo qui, en un clic, copie l’adresse interne d’une note ou d’un document, qu’on pourra alors ensuite coller dans sa note (en fait, Zutilo fait aussi plein d’autres choses ! Mais cela sort du cadre de ce billet.)

Précisons également qu’un glisser-déposer d’une note dans l’éditeur copie son contenu. Utile pour fusionner des notes disparates en un même document.

Raison 4 : logiciel multi-plateforme, collections synchronisées… impossible de ne plus avoir ses notes sous la main

Non seulement Zotero tourne sous Linux, Windows, Mac… non seulement il permet la synchronisation de vos collections entre toutes vos machines (via un compte rapide à créer)… mais en plus il propose une version en ligne (la “Web Library”) où vous retrouverez vos notes et où vous pourrez les éditer comme dans le logiciel de bureau.

Si vous ne voulez pas vous prendre la tête avec un service de synchronisation tiers comme Nextcloud, OneDrive ou Dropbox, Zotero est parfait puisqu’il gère cela tout seul, de manière efficace (selon mon expérience) et transparente.

Tout ceci permet également d’envisager l’utilisation collaborative de Zotero : les bibliothèques (constituant un ensemble de collections) sont partageables, ainsi donc que les documents et les notes qu’elles contiennent. Ce billet, publié sur le blog francophone de Zotero, rend compte d’une expérience collaborative d’utilisation du logiciel entre 3 étudiants et leur professeur.

Raison 5 : c’est Zotero, avec tout ce que ça implique

C’est peut-être évident, mais ça mérite d’être rappelé : Zotero permet l’organisation et l’archivage de tout type de documents. Si vos notes s’appuient le plus souvent sur une ressource quelconque (un article en ligne, un pdf, un livre…), alors vous aurez grand intérêt à les organiser de manière “intégrée” à ces documents. Regrouper tout au même endroit, ça facilite quand même grandement la vie.

Au passage, rappelons également que Zotero dispose d’un lecteur pdf intégré très sympa à utiliser (surtout depuis sa version 6, sortie début 2022, qui est aussi celle qui a livré un éditeur de notes refondu) ; lecteur pdf qui permet les annotations et le surlignage. Et, cerise sur le gâteau, Zotero est capable d’exporter en un clic ces annotations et surlignage intégrés aux pdf, en une note.

De plus, si le Web représente pour vous la principale source de ces ressources (si j’ose dire), alors vous tirerez grand avantage des extensions pour navigateurs, permettant en un clic l’enregistrement et le classement d’une page Web, d’un article scientifique, etc.

Alors, tout est parfait ?

Zotero serait-il donc le logiciel de prises de notes ultime ? Comme souvent : cela dépend de vos usages. Les limites qui me viennent à l’esprit sont les suivantes, mais vous pourrez en identifiez d’autres selon vos habitudes et vos besoins :

• les notes sont intégrées à Zotero. Elles ne constituent pas des fichiers indépendants, accessibles depuis votre explorateur de fichiers. Cela peut apparaître comme une limite si votre workflow repose sur la manipulation de notes comme fichiers. Toutefois, il faut souligner, d’une part, que les notes sont facilement exportables (au format Markdown notamment) et, d’autre part, qu’il est tout à fait possible d’ouvrir une note précise depuis l’extérieur de Zotero, en utilisant les liens fournis par Zutilo, comme mentionné précédemment ;
• la synchronisation intégrée et l’interface Web supposent que vous acceptiez que vos données soient hébergées sur les serveurs de Zotero. De plus, peut-être risquerez-vous de saturer les 300 Mo offerts gratuitement ; il faudra alors songer à basculer sur une formule payante pour acquérir plus d’espace. Mais il est également possible de synchroniser ses documents via le protocole Webdav, sur un serveur Nextcloud par exemple. Ça nécessite de disposer d'un tel serveur (ou d'aller voir du côté de Zaclys par exemple) et de configurer tout cela, mais c'est tout à fait jouable.
• si vous utilisez massivement les liens croisés entre notes, alors Zotero sera sans doute moins agréable à utiliser qu’un Zettlr par exemple, qui pousse la simplicité d’insertion de tels liens à l’extrême (il suffit de saisir [[ pour voir apparaître la liste de toutes les notes référençables). Les deux possibilités évoquées plus haut − l’utilisation des “connexes” ou l’insertion de liens avec Zutilo − fonctionnent parfaitement bien, mais la procédure est moins fluide que celle à l’instant évoquée ;
• bien qu’il soit agréable et efficace, l’éditeur n’est pas pourvu de tonnes de fonctionnalités comme celles qu’on peut trouver ailleurs. Ici, pas d’intégration de Mermaid pour produire des diagrammes, pas de listes à cocher, pas de comptages de mots ou de caractères.
  

Conclusion

Vous l’aurez compris, à mes yeux la balance avantages/inconvénients penche très largement en faveur des premiers, et j’espère vous avoir donné envie d’expérimenter Zotero comme logiciel de prises de notes. Et si vous avez aimé ce billet, n’oubliez pas de cliquer sur le pouce bleu et la cloche n’hésitez pas à le commenter sur ce toot Mastodon.